Знаменательной вехой в истории Бородинского поля стал 1839 год. 26 августа в присутствии императора Николая I, перед строем 150-тысячного войска и в присутствии 200 участников Бородинского сражения, на Курганной высоте (Батарее Раевского), главном опорном пункте русской армии в день битвы, был торжественно освящен монумент в память доблестных защитников Отечества, сооруженный по проекту архитектора А. Адамини. Незадолго до этого торжества у основания монумента был захоронен прах героя Бородина генерала П.И. Багратиона.
Напротив Батареи Раевского была построена сторожка для воинов-ветеранов, которые, согласно Указу императора, должны были ухаживать за памятником и могилой Багратиона, вести Книгу записей посетителей, показывать приезжающим план сражения, находки с поля битвы. Так родился музей.
К 1839 году земля в центральной части поля и село Бородино были выкуплены императором у местных помещиков на имя цесаревича, будущего государя Александра II. Для размещения царственных особ и свиты усадебный дом в селе Бородине был перестроен в двухэтажный деревянный дворец, интерьеры которого были украшены портретами генералов-участников наполеоновских войн, мебелью и предметами быта, привезенными из Санкт-Петербурга. Нашлось там место и для реликвий, связанных со сражением, книг и военных карт. Таким образом центральная часть Бородинского поля и село Бородино стали охраняемыми территориями, то есть прообразом будущего музея-заповедника, старейшего в мире среди основанных на полях сражений.
Еще в 1820 году Маргарита Михайловна Тучкова, вдова генерала Тучкова, увековечила память о героях Бородина, построив на месте гибели любимого супруга церковь Спаса Нерукотворного. Этот храм стал центром монашеской пустыни, которая в 1838 году по указу императора Николая I была преобразована в Спасо-Бородинский общежительный второго класса женский монастырь, а М.М. Тучкова, его основательница, стала первой настоятельницей, игуменьей Марией. После кончины игуменьи в 1852 году в ее доме, по благословению митрополита Московского и Коломенского Филарета все осталось так, как при ее жизни, и он стал фактически домом-музеем.
В последующие годы интерес к Бородину не ослабевал. Поле посещали члены царской семьи, высокопоставленные чиновники, военачальники, православные паломники, потомки героев 1812 года.
В 1902 году по инициативе начальника железнодорожной станции Бородино П.П. Богдановича в одной из комнат вокзала был создан «Музей 1812 года».
В 1912 году к 100-летию Бородинского сражения по проекту архитектора В. Воейкова была перестроена сторожка инвалидов у Батареи Раевского, в которой открылась юбилейная экспозиция. На поле битвы были воздвигнуты 33 монумента полкам, дивизиям, корпусам, артиллерийским ротам и бригадам русской армии, отличившимся в «Битве гигантов». У стен Спасо-Бородинского возвысился памятник «Благодарная Россия – своим защитникам». Прах генерала Д.П.
Неверовского, погибшего в «Битве народов под Лейпцигом», был перенесен из Германии и торжественно захоронен на Южной Багратионовой флеши у памятника его дивизии. Особыми монументами были отмечены командные пункты М.И. Кутузова и Напоерона, отреставрированы Шевардинский редут, Южная Багратионова флешь, Масловские флеши. Мемориал в память героев 1812 года, создававшийся на протяжении XIX – начала XX веков, до сих пор является основой Бородинского музея-заповедника.
В начале 1920-х годов отдельные предметы из Бородинского дворца были перенесены в музей у батареи Раевского. Туда же поступили экспонаты “Музея 1812 года” со станции Бородино. Бородинский музей стал филиалом Военно-исторического музея, затем – Российского исторического, а с сентября 1925 года передан в ведение Московского областного отдела народного образования.
1930-е годы – мрачный этап в истории поля. Памятники-монументы разрушались местными жителями с «благословения» властей. В 1929 году был закрыт Спасо-Бородинский монастырь, в котором была организована сельскохозяйственная коммуна. Только в 1992 году после многолетней реставрации в нем возродилась монашеская община. Сельские храмы также закрывались, в них устраивались производственные мастерские, зернохранилища. В 1932 году был уничтожен монумент на батарее Раевского, разорен склеп с прахом П.И. Багратиона. В 1987 году Главный монумент был воссоздан, первоначальный вид приобрела могила П.И. Багратиона.
1941 год нанес еще больший урон памятникам поля. К счастью, экспонаты музея были вовремя эвакуированы в г. Алма-Ату, а здание музея, в котором немцы устроили скотобойню, было сожжено во время их отступления в январе 1942 года. Та же участь постигла Императорский дворец в селе Бородине и дом игуменьи Марии.
В 1944 году здание музея было капитально отремонтировано, и в нем вновь разместились реликвии 1812 года. Дом игуменьи Марии воссоздан на месте прежнего фундамента в 1994 году, в нем открылась мемориальная экспозиция, посвященная основательнице Спасо-Бородинского монастыря. К 200-летию Бородинского сражения будет воссоздана и императорская усадьба в селе Бородине.
В 1961 году, в канун 150-летия Отечественной войны 1812 года, указом правительства РСФСР поле Бородинского сражения было объявлено музеем-заповедником «с включением в него памятных мест, исторических памятников Бородинского поля и Государственного Бородинского военно-исторического музея».
С 1987 года филиалом Бородинского музея-заповедника стал Можайский историко-краеведческий музей, в структуру которого вошел дом-музей народного художника СССР С.В. Герасимова.
В 1994 году правительством Российской Федерации утверждены границы территории музея-заповедника площадью 109,7 кв. км. Площадь охранной зоны составляет 645 кв. км. На этой территории расположено около 300 памятных объектов, связанных с событиями двух Отечественных войн.
В 1995 году музей-заповедник «Бородинское поле» был включен в Государственный свод особо ценных объектов культурного наследия народов Российской Федерации. В этом же году у стен Спасо-Бородинского монастыря был воссоздан памятник «Благодарная Россия – своим защитникам».
В 2002 году к 190-летию Бородинского сражения в здании музея была открыта новая основная экспозиция «Бородино – битва гигантов», а в одном из залов железнодорожной станции Бородино – выставка, посвященная юбилейной дате. В настоящее время на поле работают 5 экспозиций, которые дают образное представление о героях и событиях двух отечественных войн.
Неизменной популярностью пользуются военно-исторические праздники, ежегодно проводимые на Бородинском поле: «День Бородина», «Москва за нами. 1941 год», «Стойкий оловянный солдатик».
Широкую известность приобрели научные конференции российского и международного масштаба, на которых рассматриваются источники, памятники, проблемы, связанные с изучением истории Отечественной войны 1812 года и Бородинского сражения, а также конференции по актуальным вопросам изучения и сохранения природного и культурного наследия музеев-заповедников, их экологическим проблемам.
В 2007 году музей-заповедник «Бородинское поле» первым из российских музеев был удостоен международной премии ЮНЕСКО имени Мелины Меркури за сохранение и организацию использования культурных ландшафтов.