Уникальность Музея археологии и этнографии заключается в том, что он действует в рамках научного учреждения - Центра этнологических исследований Уфимского научного центра Российской академии наук (ЦЭИ УНЦ РАН). Научные сотрудники ЦЭИ, среди которых 4 доктора, 12 кандидатов наук, ведут комплексные исследования этнической истории и этнокультурных взаимодействий тюркских, финно-угорских и восточнославянских народов Башкортостана и в целом Волго-Уральского региона.

Научные исследования сотрудников ЦЭИ УНЦ РАН способствуют сохранению бесценного богатства материальной и духовной культуры народов, населяющих Башкортостан, служат укреплению их общности. Отделы экспозиции музея отражают новейшие представления о развитии народов и культур на территории Южного Урала с древнейших времен до позднего средневековья, в хронологии показывают эволюцию и смену различных культур и этнических образований. Завершают экспозицию три зала с яркими и самобытными материалами по этнографии башкир и народов Башкортостана.

Посетители музея могут узнать о культуре древнейших поселенцев нашего края, познакомиться с разнообразным животным миром. Внимание посетителей всегда привлекает череп могучего исполина древней фауны - мамонта, реконструкция которого будет завершена силами сотрудников Института зоологии РАН в Санкт-Петербурге. Мамонты играли большую роль в жизни древнего человека, об этом говорят их изображения на стенах пещер-святилищ. Макет одной из таких пещер - пещеры Шульган-Таш (Каповой) - представлен в музее. На сводах макета имеются копии наскальной живописи пещеры Шульган-Таш: силуэтные рисунки мамонтов, шерстистого носорога, лошади. Этим рисункам более 20 тысяч лет. Их дальнейшее изучение - главная задача возобновленной Южноуральской палеолитической экспедиции РАН, в которой принимают участие сотрудники ЦЭИ.

Поистине бесценная составляющая музея - Сарматская коллекция. В 1988 году на севере Оренбургской области в Филипповских курганах группа ученых-археологов под руководством зав.отделом археологии Института истории, языка и литературы УНЦ РАН профессора Анатолия Пшеничнюка проводила археологические раскопки. Экспедиция обнаружила более 600 предметов древних сарматов, в том числе 26 золотых фигурок оленей. Специалисты Эрмитажа провели кропотливую работу по реставрации предметов из Филипповских курганов, несмотря на то, что восемь золотых фигурок оленей из 26 были в плачевном состоянии. Золотые олени, архары, конские подвески, ритоны и посуда с золотыми накладками в виде зверей и птиц, холодное оружие, женские украшения - далеко не полный перечень предметов золотой коллекции Музея археологии и этнографии, которая экспонируется здесь.